Ngày 4/3, Trung tướng Nguyễn Việt Thành (Phó Văn phòng ban chỉ đạo phòng, chống tham nhũng Trung ương) cho biết, tại cuộc họp trên, nhiều ý kiến khác nhau về vấn đề này đã được đưa ra. Có quan điểm cho rằng chưa đủ cơ sở truy tố cựu thứ trưởng về tội cố ý làm trái quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng (điều 165 Bộ luật hình sự) và lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ (điều 281) như kết luận của cơ quan điều tra. Do vậy, chỉ có thể xem xét ông Tiến tội danh thứ 3 là thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng (điều 285).
Việc xem xét lại tội danh của ông Tiến không phải lần đầu mới được cơ quan tố tụng đề cập tới. Vào cuối tháng 12/2007, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an dù kết luận ông Tiến có hành vi phạm tội nhưng cũng cho rằng "cần xem xét trách nhiệm hình sự tại điều 165 và 281". Ông Nguyễn Việt Tiến bị cho rằng có dấu hiệu của tội cố ý làm trái quy định nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng, gây thiệt hại tài sản Nhà nước.
Ông Tiến bị buộc tội là khi còn làm Tổng giám đốc PMU 18, đã điều động 4 ôtô mua bằng vốn ODA trong quá trình thực hiện các dự án sang cho một số đơn vị thuộc Bộ Giao thông Vận tải sai quy định. Một chiếc trong số này được bố trí cho Bộ trưởng lúc đó là ông Bùi Danh Lưu sử dụng; chiếc khác theo yêu cầu của thứ trưởng Lê Ngọc Hoàn...
Tương tự, từ năm 1998 đến 2005, Bùi Tiến Dũng (người kế nhiệm ông Tiến tại PMU 18) đã cho các đơn vị, tổ chức trong và ngoài ngành giao thông vận tải mượn 30 ôtô, gây thiệt hại hơn 7,8 tỷ đồng.
Tuy nhiên, trong lần điều tra bổ sung, cơ quan điều tra đã nhận thấy, việc điều động cho mượn sai quy định là theo ý kiến chỉ đạo cụ thể của lãnh đạo Bộ Giao thông vận tải hoặc để phục vụ lãnh đạo Bộ; phục vụ một số cơ quan có chức năng tham mưu và quản lý nhà nước của Bộ có liên quan trực tiếp đến công tác chỉ đạo quản lý thực hiện các dự án của chủ đầu tư (Bộ Giao thông Vận tải). Theo cơ quan điều tra cần "nghiên cứu xem xét trong khi xử lý trách nhiệm hình sự" với ông Tiến và Bùi Tiến Dũng.
Về tội danh thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng, cơ quan điều tra cho rằng căn cứ khép tội là trong thời gian làm thứ trưởng (từ tháng 4/1998), tại các dự án ODA do Bộ làm chủ đầu tư, ông Tiến không kiểm tra đôn đốc, chỉ đạo PMU 18 và các đơn vị liên quan trong quá trình triển khai... dẫn tới việc tổng giám đốc PMU 18 cho mượn trái phép 30 ôtô và mắc hàng loạt sai phạm khác.
Theo dự kiến, các vụ án này sẽ kết thúc xét xử trong năm 2007. Nhưng tới nay, vụ án vẫn chưa bị đưa ra xét xử do có nhiều tình tiết, diễn biến. Trong thời gian chờ quyết định truy tố của viện KSND Tối cao, ông Tiến đã được tại ngoại từ ngày 3/10/2007.
