Su-39 là loại máy bay cường kích đa năng đa dụng. Nó có thể được sử dụng để tiêu diệt các mục tiêu được bảo vệ kiên cố, có kích thước nhỏ cơ động trên mặt đất như xe tăng thế hệ mới của các nước thành viên NATO, xe chiến đấu bộ binh, xe vận tải bọc thép, hệ thống điều khiển tự động; các tổ hợp phòng không; các hoả điểm và sinh lực địch trong các hầm trú ẩn kiên cố.

Ngoài ra, Su-39 còn có chức năng như một máy bay tiêm kích với khả năng tiêu diệt các mục tiêu trên không như máy bay ném bom, máy bay cường kích, máy bay tiêm kích, máy bay vận tải quân sự, trực thăng, máy bay không người lái; các loại tên lửa có cánh và chống tàu. Nó còn có thể tiêu diệt các mục tiêu trên mặt nước có lượng choán nước đến 5.000 tấn như ca nô, xà lan đổ bộ, chiến hạm, tàu khu trục.

Su-39 có thể mang tên lửa có điều khiển không đối đất Kh-29T với đầu tự dẫn nhiệt hoặc tên lửa Kh-25ML, Kh-29L, S-25L dẫn đường bằng laze, cũng như tên lửa KAB-500KR trọng lượng 500kg.