Nguyên nhân của việc chậm tiến độ được các cơ quan chức năng đánh giá là ở một số thời điểm nhà thầu thi công không tích cực, không thực hiện đúng các yêu cầu về tiến độ của đơn vị tư vấn và chủ đầu tư; hoạt động giải phóng mặt bằng các hộ dân kinh doanh chậm; vướng mắc trong công tác di chuyển công trình ngầm - nổi; thay đổi thiết kế kỹ thuật nhà điều hành trạm bơm; mất nhiều thời gian chờ thống nhất cấp phép rào đường phục vụ thi công; phân luồng giao thông phục vụ các dịp hội nghị APEC, ngày lễ tết theo yêu cầu của thành phố Hà Nội…

Theo đó, Ban quản lý các dự án phát triển đô thị Hà Nội đã kiến nghị UBND thành phố cho phép gia hạn thời gian hoàn thành (cho từng hạng mục cụ thể). Dự kiến, Nút giao Kim Liên sẽ được thông xe kỹ thuật vào dịp 10/10/2009; Các hạng mục còn lại của dự án (như hầm bộ hành, tuynen kỹ thuật, trạm bơm, hệ thống thoát nước…) sẽ hoàn thành trước ngày 31/12/2009.

 HNM