Theo nhận định của Cục Hải quan Nghệ An, nhiệm vụ thu NSNN năm 2013 là rất khó khăn. Tính đến hết ngày 31-3, số thu NSNN trong quý I-2013 đạt 105,4 tỷ đồng, đạt 58% chỉ tiêu được giao trong quý I (180 tỷ đồng) và chỉ đạt 14,6% chỉ tiêu được giao năm 2013 (720 tỷ đồng). Trong năm 2012, với hàng loạt các khó khăn, Cục Hải quan Nghệ An đã thu ngân sách không đạt chỉ tiêu, đến năm 2013, những khó khăn này tiếp tục tồn tại.

Theo Cục Hải quan Nghệ An, khó khăn chủ yếu là nguồn thu của đơn vị phụ thuộc một phần lớn vào NK xăng dầu nhưng từ đầu năm đến nay chưa có lô hàng xăng dầu nào làm thủ tục nhập khẩu. Số thuế phát sinh trong tháng 3 chưa đến hạn thu chuyển sang tháng 4-2013 tương đối lớn (59 tỷ đồng); Việc thu hồi nợ đọng thuế gặp nhiều khó khăn; Chi cục Hải quan Cửa khẩu Thanh Thủy chưa đi vào hoạt động.

Trước những khó khăn trên và tình hình thực tế thu NSNN Quý I đầu năm 2013, Cục Hải quan Nghệ An đã đưa ra nhiều giải pháp tích cực chỉ đạo các đơn vị thuộc và trực thuộc quyết liệt trong công tác thu NSNN để có thể hoàn thành nhiệm vụ thu năm 2013.

Nhiều nhiệm vụ đã đặt ra cho các chi cục, đội kiểm soát, và cán bộ công chức… Theo đó, các đơn vị phải thường xuyên tự kiểm tra và kiểm tra chéo công tác nghiệp vụ hàng ngày tại chi cục nhằm nâng cao năng lực của đội ngũ cán bộ công chức hải quan trong công tác;

Giải quyết nhanh chóng vướng mắc phát sinh, không sót việc; cụ thể hóa trách nhiệm của từng bộ phận, của từng cán bộ công chức  trong các bộ phận nhằm nâng cao hơn nữa vai trò trách nhiệm của thủ trưởng đơn vị và của CBCC trong thực hiện nhiệm vụ;

Thành lập Tổ chuyên môn để gặp gỡ các DN kịp thời tháo gỡ khó khăn… để thu hút các doanh nghiệp mở tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu qua Cục Hải quan Nghệ An nhằm tăng nguồn thu ngân sách trên địa bàn. Rà soát lại các DN đang vướng mắc về thủ tục hải quan điện tử, vướng mắc trong quá trình thực hiện làm thủ tục xuất nhập khẩu hàng hoá, nghiên cứu giải pháp tháo gỡ khó khăn phù hợp với từng DN theo quy định của Pháp Luật; tổ chức đối thoại doanh nghiệp vào cuối tháng 4-2013. Đồng thời, thành lập Tổ giải quyết xử lý nhanh tại các chi cục để xử lý nhanh tại chỗ các vướng mắc trong quá trình làm thủ tục hải quan cho DN.

Cục Hải quan Nghệ An cũng đã chỉ đạo các chi cục đẩy mạnh rà soát các doanh nghiệp đầu tư nhập khẩu miễn thuế máy móc thiết bị tạo tài sản cố định, nguyên liệu vật tư để sản xuất hàng xuất khẩu, phân loại. Kiểm tra việc nhập khẩu của các DN có độ rủi ro cao nhằm chống thất thu NSNN. Bổ sung bảng giá rủi ro cấp Cục một số mặt hàng nhạ‌y cả‌m như: mặt hàng gỗ, hàng nhôm nguyên liệu, linh kiện phụ tùng ô tô, xăng dầu, dầu ăn, máy móc thiết bị hàng đầu tư.

Mặt khác, tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan tại trụ sở DN đối với các đối tượng DN, mặt hàng có khả năng rủi ro cao để phát hiện kịp thời các sai sót và các hành vi gian lận, trốn thuế…