Theo cáo trạng của viện kiểm sát quân sự trung ương, ngày 21/2/2019, Bộ Quốc phòng giao cho Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển dự toán ngân sách nhà nước chi quản lý hành chính năm 2019, tổng số tiền 450 tỷ đồng.
Ngày 8/3/2019, tại phiên họp của Thường vụ Đảng ủy Cảnh sát biển mở rộng đã quyết nghị phân bổ cho Cục Kỹ thuật 150,1 tỷ đồng để mua sắm vật tư, thiết bị cung cấp cho các đơn vị.
Khi đó, ông Nguyễn Văn Sơn (cựu trung tướng, cựu Tư lệnh cảnh sát biển) đã gặp ông Nguyễn Văn Hưng (cựu đại tá, cựu Cục trưởng Kỹ thuật) yêu cầu khi mua sắm vật tư, thiết bị, phải rút ra 50 tỷ đồng để chuyển lại cho Bộ Tư lệnh cảnh sát biển sử dụng.
Ông Hưng báo cáo với ông Nguyễn Văn Sơn rằng, Cục Kỹ thuật chưa bao giờ thực hiện việc này, rút ra 50 tỷ đồng là rất lớn, khó thực hiện và phải thống nhất trong Thủ trưởng Bộ Tư lệnh thì Cục mới thực hiện.
Thời điểm đó, do Bộ Quốc phòng điều chỉnh về việc giảm nguồn ngân sách chi cho quản lý hành chính phân bổ cho Bộ tư lệnh cảnh sát biển năm 2019 còn 444 tỷ đồng và để tạo điều kiện cho ông Hưng dễ thực hiện việc rút 50 tỷ đồng nên trước phiên họp Thường vụ Đảng ủy ngày 26/4/2019, ông Sơn chỉ đạo ông Bùi Văn Hòe (cựu thượng tá, cựu Phó Phòng Tài chính) cắt toàn bộ nguồn kinh phí bảo quản, sửa chữa trang bị của 4 Vùng Cảnh sát biển để phân bổ thêm 29 tỷ đồng cho Cục Kỹ thuật.
Do đó, nguồn ngân sách cho Cục Kỹ thuật được tăng lên 179,1 tỷ đồng.
Đến đầu tháng 4/2019, tại phòng ăn của Thủ trưởng Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển, ông Sơn trao đổi với các ông Hoàng Văn Đồng (cựu trung tướng, cựu Chính ủy); Doãn Bảo Quyết (cựu thiếu tướng, cựu Phó Chính ủy); Phạm Kim Hậu (cựu thiếu tướng, cựu Phó Tư lệnh, cựu Tham mưu trưởng); Bùi Trung Dũng (cựu thiếu tướng, cựu Phó Tư lệnh) về việc chỉ đạo ông Hưng rút 50 tỷ đồng từ nguồn kinh phí cho quản lý hành chính năm 2019 phân bổ cho Cục Kỹ thuật để chi cho các Thủ trưởng Bộ Tư Lệnh. Khi đó, tất cả đồng ý và không có ý kiến gì khác.
Ngày 4/5/2019, ông Nguyễn Văn Sơn ký quyết định giao dự toán ngân sách cho Cục Kỹ thuật 179,1 tỷ đồng và tiếp tục yêu cầu ông Hưng rút lại 50 tỷ đồng để chuyển về Bộ Tư lệnh.
Chấp hành chỉ đạo, ông Hưng trao đổi và yêu cầu 6 trưởng phòng nghiệp vụ thuộc Cục Kỹ thuật khi thực hiện chi tiêu nguồn ngân sách quản lý hành chính phải rút lại tổng số tiền 50 tỷ đồng để ông Hưng chuyển lại cho Thủ trưởng Bộ Tư lệnh sử dụng vào việc chung.
Các trưởng phòng đều báo cáo với ông Hưng là khó thực hiện, nhưng ông Hưng tiếp tục yêu cầu 6 trưởng phòng này phải xác định việc rút lại 50 tỷ đồng là nhiệm vụ mà Thủ trưởng Bộ tư lệnh giao và phải hoàn thành.
Tiếp đó, các trưởng phòng đã phân chia nguồn ngân sách được giao thành 29 gói thầu, trong đó có 9 gói giá trị dưới 10 tỷ đồng để thuộc thẩm quyền Tư lệnh Cảnh sát biển phê duyệt, không phải báo cáo Bộ Quốc phòng.
Các trưởng phòng cũng liên hệ với các nhà thầu để nâng giá nhằm hỗ trợ đơn vị có nguồn quỹ vốn sử dụng vào mục đích phúc lợi. Để được tham gia dự thầu và trúng thầu, các doanh nghiệp đồng ý nâng giá vật tư, thiết bị hoặc trích lại lợi nhuận từ giai đoạn khảo sát giá để xây dựng giá gói thầu nhằm mục đích rút lại 50 tỷ đồng nộp về Bộ tư lệnh Cảnh sát biển.
Sau khi nhận được 50 tỷ đồng, ông Nguyễn Văn Sơn đã chia cho mình và các ông Đồng, Hậu, Quyết và Dũng mỗi người 10 tỷ đồng.
Đến ngày 19/6/2020, ông Phạm Kim Hậu (cựu thiếu tướng, cựu Phó Tư lệnh, cựu Tham mưu trưởng) đã làm đơn gửi cơ quan chức năng, kèm theo 2 file ghi âm phản ánh về tiêu cực, tham nhũng của bản thân và các đồng phạm.
Cáo buộc cho rằng, nguyên nhân dẫn đến hành vi phạm tội là do các bị can chấp hành kỷ luật, Pháp Luật không nghiêm và lợi dụng chức vụ quyền hạn được giao để chiếm đoạt tiền nhằm mục đích vụ lợi cá nhân. Hơn nữa, công tác kiểm tra, giám sát của các cơ quan chức năng còn nhiều thiếu sót là điều kiện làm phát sinh tội phạm và vi phạm kỷ luật.