Tuy nhiên, không chỉ giám định viên trong vụ án mà ngay cả Tổ chức giám định pháp y tỉnh Bình Phước khi được tham khảo ý kiến cũng đưa ra một kiến thức nhầm lẫn tai hại cho cơ quan tố tụng.

Một tháng sau khi khám nghiệm t‌ử th‌i nạn nhân Thị Út, Phân viện Khoa học Hình Sự (Tổng cục Cảnh sát, Bộ Công an) có kết luận giám định “không phát hiện dấu vết tin‌ּh dịc‌ּh và xác tin‌ּh trù‌ּng trong mẫu ghi thu dịch â‌ּm đạ‌ּo của nạn nhân Thị Út” (bút lục 31). 
Trong khi lời khai nhận tội của Mai là Mai đã xuấ‌ּt tin‌ּh vào â‌ּm đạ‌ּo của nạn nhân, nay giám định không có tin‌ּh trù‌ּng thì rõ ràng lời nhận tội của Mai không đúng sự thật.

Chính cơ quan điều tra cũng phân vân về kết quả này. Lẽ ra khi cần giải thích về kết luận giám định thì cơ quan điều tra phải gửi văn bản hỏi chính cơ quan giám định, thế nhưng trước phiên tòa sơ thẩm lần thứ nhất, Cơ quan cảnh sát điều tra (CSĐT) Công an tỉnh Bình Phước lại gửi văn bản hỏi Tổ chức giám định pháp y tỉnh Bình Phước.

Ngày 24/1/2005, Tổ chức giám định pháp y tỉnh trả lời:
“+ tin‌ּh trù‌ּng của nam giới tồn tại trong â‌ּm đạ‌ּo của nữ giới thời gian 2-3 ngày đối với người sống sau khi giao hợp. Nếu quá thời gian đó thì khi thu giữ tin‌ּh dịc‌ּh trong â‌ּm đạ‌ּo của nữ giới và qua xét nghiệm sẽ không thấy được tin‌ּh trù‌ּng của nam giới trong â‌ּm đạ‌ּo của nữ giới vì tinh trùng đã bị phân hủy (theo sách giáo khoa Bộ môn Sản, Trường ĐH Y Dược TP.HCM xuất bản năm 1996, tập I, trang 72).
+ Trong trường hợp bị can Mai gia‌ּo cấ‌ּu và xuấ‌ּt tin‌ּh trong â‌ּm đạ‌ּo với nạn nhân Thị Út từ khoảng ngày 12/11/2004, sau đó giết chết nạn nhân, đến khoảng 10h ngày 17/11/2004 tiến hành khám nghiệm t‌ử th‌i thu giữ tinh dịch trong â‌ּm đạ‌ּo Thị Út. Khi giám định sẽ không thấy được tin‌ּh dịc‌ּh và tin‌ּh trù‌ּng của Mai vì khi đó tin‌ּh dịc‌ּh và tin‌ּh trù‌ּng đã bị phân hủy” (bút lục 132).

Cần chú ý kiến thức ghi trong cuốn sách giáo khoa nêu trên là “đối với người sống sau khi giao hợp”, còn đối với người chết - theo lời cố bác sĩ pháp y Ngô Văn Quỹ nói khi ông còn sống - thì tin‌ּh trù‌ּng và tin‌ּh dịc‌ּh không bị bọn bạch cầu dọn dẹp nên vẫn còn “nằm” đó. 
Muốn kiểm tra thì lấy đèn Wuud chiếu tia cực tím vào các vết mà ta nghi là tin‌ּh trù‌ּng, các vết ấy sẽ lóng lánh lên, phát sáng như vậy là do tinh dịch. Ngâm các vết ấy vào hó‌a chấ‌t làm tan xác tin‌ּh trù‌ּng ra, rồi xem kính hiển vi thấy rõ ràng.

Như vậy, Tổ chức giám định pháp y tỉnh Bình Phước đã đưa ra một kiến thức nhầm lẫn tai hại cho cơ quan tố tụng. 
Trong biên bản khám nghiệm hiện trường, công an thu được dấu vân lốp xe máy và dấu dép nhưng không cho giám định có phải là vật do Mai sử dụng hay không. Sau khi án sơ thẩm và phúc thẩm lần thứ nhất bị hủy, quá trình điều tra lại công an mới trưng cầu giám định vân lốp xe máy Mai thường sử dụng.

Ngày 13/8/2008, Phân viện Khoa học Hình Sự tại TP.HCM kết luận: “Dấu vết vân lốp xe để lại ở hiện trường… với vết vân lốp bánh xe sau xe mô tô biển số 53SB-4457… là cùng một loại vân lốp; nhưng dấu vết vân lốp để lại ở hiện trường không đủ yếu tố giám định truy nguyên chiếc lốp xe cụ thể" (bút lục 454). 
Đôi dép Mai mang và bị thu giữ sau khi Mai bị bắt có đế dép hình ca-rô (bút lục 515) trong khi vết dép tại hiện trường để lại có đế hình sin.