Theo quy hoạch, mạng lưới các tuyến đường thủy gồm: 87 tuyến đường thủy nội địa từ cấp 1 đến cấp 6 với tổng chiều dài trên 574 km, các tuyến đường sông chuyên dùng gồm 2 tuyến với tổng chiều dài 2,6km, các tuyến đường thủy nội địa quốc gia trên địa bàn thành phố, bao gồm 16 tuyến với chiều dài 252 km, các tuyến hàng hải trên địa bàn thành phố bao gồm 7 tuyến, với tổng chiều dài 146,8km.

Ngoài ra, thành phố cũng quy hoạch, sắp xếp cảng hàng hóa, hành khách trên tuyến kênh Tẻ; chỉnh trang và sắp xếp hoạt động khu cảng Trường Thọ trên rạch Đào thu‌ộc đị‌a bàn phường Trường Thọ, quận Thủ Đức, tiếp tục xây dựng và hoàn thiện các cảng hàng hóa đường sông: Cảng Phú Định tại ngã 3 sông Cần Giuộc - sông Chợ Đệm Bến Lức - Kênh Đôi thuộc phường 16, quận 8; cảng Long Bình trên sông Đồng Nai thuộc phường Long Bình, quận 9, xây dựng mới cảng hàng hóa Nhơn Đức trên giao tuyến của rạch Bà Lào với rạch Dơi - sông Kinh thuộc huyện Nhà Bè.

Sau khi Cảng Sài Gòn di dời sẽ quy hoạch chuyển đổi công năng, cải tạo một phần Cảng Sài Gòn, tại vị trí Bến Nhà Rồng, Khánh Hội thành cảng hành khách du lịch cỡ nhỏ và trung tâm dịch vụ hàng hải. Xây dựng bến tàu khách quốc tế 50.000GRT tại khu vực công viên Phú Thuận. Xây dựng cảng hành khách du lịch tại xã Long Hòa, huyện Cần Giờ.