Theo công văn số 274 của Giám đốc Sở GD-ĐT, trong đơn khiếu nại quyết định 86 của giáo viên Lê Vân, Sở GD-ĐT khẳng định 2 nội dụng khiếu nại có cơ sở.
Cụ thể, nội dung thứ nhất nêu giáo viên Lê Vân là công chức được Ban tổ chức chính quyền tỉnh Quảng Ngãi (nay là Sở Nội vụ) ký quyết định tuyển dụng theo đề nghị của Giám đốc Sở GD-ĐT, do đó việc buộc thôi việc ông Lê Vân phải được sự thống nhất của Sở GD-ĐT và Sở Nội vụ. Về nội dung này, Trường THPT Võ Nguyên Giáp chưa thực hiện.
Nội dung khác, trong quá trình xử lý vi phạm của ông Lê Vân, Trường THPT Võ Nguyên Giáp thành lập Hội đồng kỷ luật, trong đó ông Nguyễn Tân Cảnh - hiệu trưởng nhà trường làm Chủ tịch Hội đồng kỷ luật tham gia xét kỷ luật giáo viên Lê Vân (người tố cáo ông Nguyễn Tân Cảnh).
Tại khoản 3, Điều 17 của Nghị định 27/2012/NĐ-CP ngày 6/4/2013 của Chính phủ đề cập Quy định về xử lý kỷ luật viên chức và trách nhiệm bồi thường, hoàn trả của viên chức nêu “Không được cử người có quan hệ gia đình như cha, mẹ, con được Pháp Luật thừa nhận và vợ, chồng, anh, chị, em ruột, dâu (rể) hoặc người có liên quan đến hành vi vi phạm Pháp Luật của viên chức bị xem xét xử lý kỷ luật tham gia thành viên Hội đồng kỷ luật”. Sở GD-ĐT khẳng định ông Nguyễn Tân Cảnh không được tham gia Hội đồng kỷ luật để tư vấn áp dụng hình thức kỷ luật đối với một số hành vi vi phạm kỷ luật của ông Lê Vân, theo quyết định của Hiệu trưởng Trường THPT Võ Nguyên Giáp về việc thành lập Hội đồng kỷ luật là không đúng thành phần.
Quyết định buộc thôi việc của hiệu trưởng trước đó gây nhiều tranh cãi trong dư luận và ngành giáo dục.