Mùa 2006-07, Bayern không khác gì một đống đổ nát với những thất bại nặng nề trên mọi đấu trường.
Dưới đáy khủng hoảng
Khi đó, Bayern không có lối chơi rõ ràng, lực lượng cũng rất tệ hại: sau khi Michael Ballack ra đi, không còn một ngôi sao đẳng cấp thế giới, vẫn phải dựa vào những lão tướng như Oliver Kahn (khi đó đã 37 tuổi), Mehmet Scholl (36) hay Roy Makaay (32). Felix Magath với phương pháp huấn luyện độc tài bị sa thải hồi giữa mùa, HLV huyền thoại Ottmar Hitzfeld trở lại nhưng cũng không thể cứu được con tàu đắm Bayern. Đội bóng này chỉ xếp thứ 4 tại Bundesliga, kém nhất trong vòng 12 năm, bị AC Milan loại ở tứ kết Champions League còn ở cúp Quốc gia, bị Alemannia Aachen đánh bại ở vòng 1/8.
Ở mùa tiếp theo, dù bơm gần 90 triệu euro (gấp 3 lần kỷ lục trước đó) vào thị trường chuyển nhượng, vô địch được Bundesliga, Bayern vẫn chỉ là tay mơ ở các giải quốc tế. Ở Europa League mùa 2007-08, sau khi chật vật vượt qua Getafe ở tứ kết, Bayern bị Zenit đè bẹp ở bán kết với tỷ số chung cuộc là 1-5. Đến Champions League mùa 2008-09, tuy nhấn chìm được Sporting ở vòng 1/8 (thắng 12-1) nhưng ở tứ kết, Bayern lại bị Barcelona hạ tới 1-5. Từng vô địch mùa 2000-01 nhưng 8 năm liền sau đấy, Bayern chưa một lần vào nổi bán kết Champions League.
Phải từ mùa 2009-10, Bayern mới thực sự lấy lại được danh tiếng ở trời Âu, vào chung kết Champions League 3/4 mùa gần đây trong đó đỉnh cao là chức vô địch mùa trước. Trừ giai đoạn 1974-76 với 3 lần vô địch cúp C1 liên tiếp, chưa bao giờ Bayern có thành tích vẻ vang như vậy tại đấu trường châu lục.
Sự bật dậy của chiếc lò xo
Thực ra, cuộc tái thiết của Bayern không hề diễn ra nhanh chóng với 7 lần thay HLV và 2 lần đổi giám đốc thể thao chỉ trong vòng 7 năm qua. Tuy nhiên, Bayern vẫn giành được những kết quả khả quan bởi đi đúng triết lý đã chọn. Từ năm 2007, Bayern luôn chọn các HLV theo đuổi lối chơi tấn công, phù hợp với con đường phát triển của đội bóng. Các HLV sau thường cải tiến chứ không thay đổi hoàn toàn lối chơi của người tiền nhiệm. Từ Louis van Gaal, Jupp Heynckes tới Pep Guardiola, tất cả đều theo đuổi lối chơi tấn công ban bật dựa trên sự kiểm soát bóng.
Nhờ khả năng tài chính vững vàng, Bayern cũng tổ chức được đội ngũ nhân sự đẳng cấp thế giới. Từng mất những ngôi sao hàng đầu như Michael Ballack hay Owen Hargreaves nhưng trong 6 mùa qua, Bayern chỉ biết mua vào chứ không còn khái niệm bán ra. Năm 2010, chủ tịch Uli Hoeness từng từ chối đề nghị mua lại Franck Ribery với giá 60 triệu euro của Real Madrid. Ở chiều ngược lại, danh sách những ngôi sao cập bến Allianz ngày một dài với những tên tuổi lớn như Arjen Robben, Manuel Neuer, Javi Martinez, Thiago Alcantara, Mario Goetze hay Robert Lewandowski.
Thêm vào đó, cách quản lý theo hệ thống với sự phân chia nhiệm vụ rõ ràng cũng là chất xúc tác giúp cuộc tái thiết của Bayern diễn ra nhanh chóng. Những công việc quan trọng của Bayern đều được thảo luận kỹ càng với sự tham gia của nhiều cấp chứ không quyết định bởi một cá nhân. Sự thận trọng này đôi lúc khiến Bayern lạc nhịp so với thời đại nhưng về lâu dài, đã giúp đội bóng này có thể nhanh chóng đứng dậy sau khi vấp ngã. Việc Bayern vào chung kết Champions League chỉ 3 năm sau khi xuống đáy khủng hoảng là một minh chứng.
