Theo Sách đỏ Việt Nam: Rùa Hồ Gươm có sọ cỡ lớn, chiều cao sọ xấp xỉ chiều rộng (tỉ lệ giữa chiều cao/chiều rộng sọ 8-9/10); xương gò má hơi cong, ngăn cách với xương đỉnh bởi xương sau ổ mắt; xương mũi ngắn. Hàm dưới không có gờ ở giữa và chiều rộng của khớp nối nhỏ hơn đường kính ổ mắt.

"Cụ Rùa" nổi lên gần cầu Thê Húc

Carl và Babour (1989) mô tả xương gò má tiếp xúc với xương vảy, tuy nhiên khi phân tích các mẫu sọ HN01, IEBR-nQT85, 1 mẫu sọ không số thu tại Thanh Hoá (đang lưu giữ tại viện Công nghệ Sinh học) thì thấy xương gò má nối với xương vảy qua xương vuông gò má; đặc điểm này cũng được Farkas và Fritz (1998) nhắc đến “xương vuông gò má tham gia tạo nên mấu ròng rọc của xương tai đối với loài R. swinhoe”.

Xương gốc bướm nối với xương khẩu cái. Vòi mũi ngắn. Đầu, cổ và mặt trên của chân có màu đen hoặc nâu, phía dưới màu vàng ở các mẫu vật khô.

Quan sát ảnh đầu rùa chụp ở Hồ Gươm có nhiều đốm màu vàng trên và hai bên đầu, mặt dưới cằm màu trắng đục hơi vàng. Con đực có đuôi dài và dầy, gốc đuôi sát hậu môn.