Hệ thống này cảm nhận được khi một ngày bắt đầu và kết thúc. Ở thực vật, đồng hồ sinh học truyền tín hiệu khi nào thì chúng tăng trưởng. Ở người, đồng hồ sinh học giúp điều hòa các thay đổi về huyết áp, thân nhiệt và sự tỉnh táo vốn thay đổi tùy thời gian trong ngày.

Những nhịp điệu thường nhật này phụ thuộc vào ánh sáng chứ không phải thị giác. Rõ ràng là, một bông hồng nhạ‌y cả‌m với ánh sáng nhưng nó không thể nhìn thấy. Cũng giống như thực vật, con người chúng ta có những tế bào cảm nhận ánh sáng đặc biệt gọi là "tế bào nhận kích thích ánh sáng". Những tế bào này phát ra tín hiệu khi ánh sáng tác động lên chúng. Ở động vật có vú, tế bào nhận kích thích ánh sáng được biết đến duy nhất nằm ở hai mắt.

Đa số các nhà khoa học đồng ý rằng những tế bào nhạ‌y cả‌m với ánh sáng này có tác dụng "cài đặt" các nhịp điệu thường nhật trong c‌ơ th‌ể chúng ta. Thế nhưng, mặc dù các tế bào nhận kích thích ánh sáng của chúng ta nằm ở mắt, cũng không nhất thiết phải thấy đường mới cảm nhận được nhịp điệu thường nhật. Nhiều người mù vẫn có nhịp điệu thường nhật bình thường.