Ngày 2-2-2010, UBND TP. Hà Nội có Quyết định số 642/QĐ-UBND về việc thu hồi 28.841m2 (hơn 2,8ha) đất tại phường Hoàng Liệt, quận Hoàng Mai giao cho Công ty cổ phần quốc tế (Công ty Cổ phần Đầu tư quốc tế CT Việt Nam) để thực hiện dự án đầu tư xây dựng khu nhà ở cán bộ chiến sỹ Vụ tổ chức cán bộ, Tổng cục III, Bộ Công an. Đến hết ngày 30-4-2011 tổ công tác GPMB phường Hoàng Liệt thống kê có 77 hộ dân đã ra kê khai trong đó có 194 mộ xây và 68 mộ đất và không có mộ chưa cải táng. Trên cơ sở các bản kê khai của các hộ dân có đất nằm trong chỉ giới GPMB dự án và điều tra thực tế tại hiện trạng khu đất, tổ công tác GPMB phường Hoàng Liệt đã phối hợp cùng chủ đầu tư cắm tiêu và đánh số các mồ mả đồng thời đưa lên bản đồ hiện trạng của dự án.

Ngày 25-7-2011, UBND TP. Hà Nội ban hành Quyết định số 3466/QĐ-UBND để điều chỉnh Quyết định số 642/QĐ-UBND 2-2-2010. Theo đó, tên dự án được điều chỉnh từ "Dự án đầu tư xây dựng khu nhà ở cán bộ chiến sỹ Vụ tổ chức cán bộ, Tổng cục III, Bộ Công an” thành "Dự án xây dựng sân đỗ máy bay trực thăng phòng chống khủ‌ng b‌ố trên nóc nhà cao tầng, công viên cây xanh, chỗ để xe, hạ tầng, nhà ở cán bộ chiến sỹ thuộc các cục nghiệp vụ Bộ Công an” tại Tứ Kỳ, phường Hoàng Liệt. Trong 2 ngày 12 và 13-1-2012, chủ đầu tư và UBND phường Hoàng Liệt đã tổ chức chi trả tiền bồi thường, hỗ trợ cho các hộ dân. Theo đó, đã có 85/88 hộ dân nhận tiền, còn lại 3 hộ không đồng tình và có kiến nghị về chính sách GPMB.

Mặc dù mặt bằng chưa được giải phóng 100%, song chủ đầu tư đã tiến hành san lấp một phần diện tích đất mà chưa được phép của cấp có thẩm quyền. Theo xác định của UBND phường Hoàng Liệt, thì đây là phần đất công (đất ao) cho thuê để các hộ dân nuôi trồng thủy sản. Trước sai phạm của chủ đầu tư, ngày 8-3-2012 UBND quận Hoàng Mai đã có văn bản số 179 yêu cầu chủ đầu tư khôi phục mốc giới và cắm mốc diện tích đã được xác định để phục vụ công tác GPMB.

Mặc dù các cấp có thẩm quyền đã yêu cầu dừng thi công, song chủ đầu tư vẫn "bỏ ngoài tai” khi đêm ngày 12 và rạng sáng ngày 13-3-2012, cho xây tường chống tái lấn chiếm và san ủi mở một tuyến đường chạy từ ngoài Trường Việt Nam-Ba Lan tiến sâu vào trong gần nghĩa trang khu dân cư Tứ Kỳ với chiều rộng khoảng 30-35 m, dài khoảng 300m, diện tích đã san lấp là khoảng 1 ha. Ngay sau đó, UBND phường Hoàng liệt đã xuống hiện trường và lập biên bản đình chỉ xây dựng đối với chủ đầu tư, đồng thời lập chốt chắn gồm lực lượng công an, dân phòng để ngăn cấm không cho chủ đầu tư vào thi công.

Trả lời báo chí, ông Phùng Trung Hải, Chủ tịch UBND phường Hoàng Liệt cho biết, việc san lấp của chủ đầu tư có ảnh hưởng đến 1 ngôi mộ nổi của gia tộc họ Phùng. Hiện chủ đầu tư đã dừng thi công và phối hợp với gia đình để di dời ngôi mộ trên sang vị trí khác. Ông Hải cho biết, từ ngày 19-1 cho đến nay, UBND phường Hoàng Liệt đã 5 lần lập biên bản đình chỉ xây dựng đối với chủ đầu tư, đồng thời nhiều lần có văn bản báo cáo quận Hoàng Mai để yêu cầu chủ đầu tư dừng thi công, thực hiện theo đúng Pháp Luật. Theo ông Hải, bức xúc của người dân chính là phía chủ đầu tư đã không phối hợp với các cấp chính quyền, thiếu công khai minh bạch, do vậy người dân đã yêu cầu chủ đầu tư hút bùn và nước để người dân có thể kiểm đếm mộ của gia đình mình, do trong lúc san lấp đã làm bùn và nước ngập vào một số ngôi mộ.

Trả lời báo chí về việc chủ đầu tư đã 5 lần thi công san lấp trái Pháp Luật, đặc biệt trong lần gần đây nhất (ngày 13-3) làm ảnh hưởng đến 1 ngôi mộ nhưng đến thời điểm hiện nay các cơ quan chưa khởi tố vụ án, ông Đặng Văn Khánh, Phó Chủ tịch UBND quận Hoàng Mai cho rằng, công an quận Hoàng Mai đã vào cuộc, tuy nhiên thấy mới ảnh hưởng đến 1 ngôi mộ nên chưa đến mức phải khởi tố vụ án. Trong khi đó, ông Phạm Sơn Hà, Phó Ban GPMB quận Hoàng Mai cũng xác nhận, hiện theo thống kê có 262 ngôi mộ (trong đó bao gồm 194 mộ xây, và 68 mộ nấm). Việc kiểm đếm mộ phải dựa vào kê khai vào các hộ dân, tuy nhiên theo ông Hà cũng cần phải kiểm tra thực tế bởi có nhiều ngôi mộ chỉ cắm 1 mộ, nhưng đào phía dưới lên lại có nhiều tiểu.

Liên quan đến các sai phạm của chủ đầu tư, ông Nguyễn Hoàng Long, Phó Trưởng Ban Tuyên giáo Thành ủy Hà Nội đã đưa ra 7 kiến nghị, trong đó yêu cầu quận Hoàng Mai tiếp tục giám sát không cho chủ đầu tư thi công, đồng thời yêu cầu chủ đầu tư hút bùn, nước để người dân thuận lợi trong việc kiểm đếm mộ, và thuận tiện cho việc di dời mộ sau này. Ông Long cũng cho rằng, quận Hoàng Mai cần phải kiểm điểm về sự việc trên do đã thiếu cương quyết trong chỉ đạo khi để chủ đầu tư 5 lần san lấp nhưng không kịp thời ngăn chặn xử lý.