Theo Trưởng Công tố viên Luis Alberto Rubi, kết quả điều tra ban đầu cho thấy đám cháy bùng lên có thể là do vô ý, mặc dù trước đó có báo cáo cho rằng nguyên nhân hỏa hoạn là do một tù nhân tức giận hoặc một nhóm tù nhân ẩu đả lẫn nhau đã đốt một tấm thảm trong tù.

Ông Rubi cho biết, việc khám nghiệm t‌ử th‌i của 277 tù nhân cho thấy không có bằng chứng về những vết thương do đạn súng gây ra. Ông cũng loại trừ giả thuyết cho rằng xăng đã sử dụng để phóng hỏa nhà tù.

Khoảng 852 tù nhân có mặt tại nhà tù Cômagiagoa trong đêm xảy ra vụ hỏa hoạn kinh hoàng. Ngọn lửa bùng phát và nhanh chóng lan rộng, thiêu cháy và làm chết ngạt các tù nhân. Theo các nhân chứng, khi xảy ra hỏa hoạn, các nhân viên bảo vệ nhà tù hoặc đã xua đuổi hoặc đã từ chối mở cửa cho các tù nhân.