Trước đó, ngày 17/11, chiếc tàu ngầm trên đã bị mất liên lạc khi đang làm nhiệm vụ tuần tra tại Vùng đặc quyền kinh tế, gần cảng Madryn. Ngay sau khi phát hiện tàu bị mất tích, chính quyền Argentina đã tiến hành một chiến dịch tìm kiếm và cứu nạn khẩn cấp.

Người phát ngôn Hải quân Argentina Gabriel Gonzalez cho biết chính quyền vẫn nỗ lực hết sức để tìm kiếm chiếc tàu trên và dưới nước bất chấp điều kiện thời tiết khó khăn.
Theo người phát ngôn Lực lượng Vũ trang Argentina Enrique Balbi, ngày 15/11 là lần cuối cùng tàu ngầm này liên lạc với đất liền. Ông Balbi bác bỏ giả thiết về một vụ cháy có thể đã xảy ra trên tàu, song không loại trừ khả năng “có trục trặc kỹ thuật.”

Tàu ngầm ARA San Juan, có căn cứ tại thành phố Mar del Plata, cách Buenos Aires hơn 400km, là tàu ngầm loại TR-1700 do Đức sản xuất và được Hải quân Argentina đưa vào sử dụng năm 1985.
Tàu sử dụng hệ thống động cơ di‌esel truyền thống, được thiết kế để sử dụng trong các cuộc tấn công từ dưới mặt nước trong các trận chiến cũng như chống buôn lậu trên biển.
Khi mất liên tạc, tàu ARA San Juan đang trên đường trở về Mar del Plata từ căn cứ quân sự Ushuaia, cực Nam Argentina, cách Buenos Aires hơn 3.000km