Đó là lý do vì sao mô hình hợp tác xã mới được xem là giải pháp tối ưu nhất ở thời điểm hiện tại. Nhưng điều đó không đồng nghĩa với việc nền nông nghiệp chỉ tập trung vào việc phát triển mô hình hợp tác xã mới tràn làn và ồ ạt một cách đồng loạt. Một nền nông nghiệp phát triển luôn là sự tích hợp của nhiều mô hình sản xuất nông nghiệp khác nhau, và đây cũng đồng thời là thời điểm để Việt Nam đặt nền móng cho một nền nông nghiệp hiện đại, đó là sự đa dạng hóa mô hình sản xuất. 

Hiện tại, nền nông nghiệp Việt Nam đang có khoảng gần 11.000 hợp tác xã (HTX) bao phủ trên toàn bộ diện tích đất nông nghiệp trên cả nước, có thể nói trong ngắn hạn sức khỏe của nền nông nghiệp Việt Nam phụ thuộc vào năng suất và hiệu quả của các HTX này. Đó là lý do vì sao cần thúc đẩy nhanh quá trình hình thành các HTX theo mô hình mới của Luật hợp tác xã được ban hành năm 2012, để tăng năng suất lao động và hiệu quả sản xuất của hàng ngàn các HTX này. 

Nhưng thực tế đã chỉ ra, số HTX có đủ những yếu tố và điều kiện thuận lợi để chuyển đổi mô hình sang mô hình mới không phải là nhiều, và không phải nơi nào cũng cố gắng bắt buộc chuyển đổi mô hình một cách gượng ép nếu như không phù hợp. 

Trên thực tế, kể từ khi Luật HTX 2012 bắt đầu có hiệu lực vào tháng 7/2013, thì tính đến giữa tháng 5/2015 mới có khoảng hơn 1.000 HTX được chuyển đổi theo mô hình mới trong tổng số gần 11.000 HTX trên cả nước. Trong khi đó Luật HTX 2012 đã quy định thời gian áp dụng chỉ đến cuối năm 2016, và Việt Nam vẫn còn gần 10.000 HTX chưa được chuyển đổi. Ngoài những vấn đề về pháp lý do quy định chưa đầy đủ lộ trình chuyển đổi cho các HTX, thì một nguyên nhân hàng đầu dẫn đến sự chậm trễ này là do có khá nhiều các HTX không có đủ những điều kiện cần thiết để chuyển đổi. Chẳng hạn như vấn đề nguồn vốn. 

Ngoài những HTX đã tạo được mối liên kết với các doanh nghiệp để được các doanh nghiệp này chủ động cung cấp vốn, kỹ thuật và giống để thực hiện sản xuất, thì vẫn đang có rất nhiều HTX đang phải tự thực hiện tất cả các khâu, từ sản xuất cho đến thu hoạch và bán sản phẩm ra thị trường. Hầu hết các HTX này đều gặp chung một khó khăn là thiếu vốn, do không có tài sản thế chấp cho ngân hàng để vay tiền, hoặc có tài sản thế chấp nhưng không được ngân hàng chấp thuận. 

Ngoài ra, còn hàng loạt vấn đề khác cũng đang ngăn chặn quá trình chuyển đổi mô hình các HTX này. Khá nhiều các HTX ở các vùng sâu vùng xa không có những ưu thế nhất định về sản xuất do thổ nhưỡng và khí hậu, ngoài ra vấn đề nguồn nhân lực trình độ cao cũng ảnh hưởng đáng kể tới quá trình chuyển đổi. Hầu hết các HTX đang phải tự thực hiện tất cả các khâu từ sản xuất đến bán sản phẩm ra thị trường đang gặp khó khăn về nguồn nhân lực có chuyên môn kỹ thuật, nếu như các HTX hợp tác với doanh nghiệp được cung cấp các kỹ sư nông nghiệp được đào tạo, thì các HTX tự túc đang không thể tìm được nguồn nhân lực có chuyên môn này. 

Chưa kể, vấn đề lớn nhất khiến quá trình chuyển đổi diễn ra chậm chạp là có quá ít doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp. Hiện chỉ có khoảng 3.500 doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, trong khi con số HTX thì lên tới gần 11.000, đó là chưa kể không phải doanh nghiệp nào trong con số 3.500 kia cũng đủ tiềm lực và kỹ thuật để đầu tư dây chuyền sản xuất, giống và các tiêu chuẩn chất lượng hiện đại. 

Đó là lý do vì sao, ở thời điểm hiện tại cần tiến hành đa dạng hóa các mô hình sản xuất nông nghiệp nếu như muốn vực dậy nền nông nghiệp Việt Nam nhanh nhất có thể. Rõ ràng là mô hình HTX mới chỉ có thể áp dụng và hiệu quả trong một số điều kiện cụ thể, chẳng hạn như có ưu thế sản xuất một số nông sản nhất định, tiếp cận được nguồn vốn và kỹ thuật từ các doanh nghiệp. 

Không thể ép buộc chuyển đổi tất cả các HTX hiện tại theo mô hình mới một cách tràn lan, sẽ không tạo được hiệu quả. Cũng giống như ở các nước có nền nông nghiệp phát triển, ngành nông nghiệp luôn là sự tích hợp giữa nhiều mô hình sản xuất khác nhau. Việt Nam ở thời điểm hiện tại cũng có thể xem xét một số mô hình sản xuất nông nghiệp khác để tạo được hiệu quả tối đa.

Một trong số đó là khuyến khích các doanh nghiệp và tập đoàn lớn đầu tư vào nông nghiệp. Rõ ràng sau khi gia nhập các hiệp định thương mại lớn như TPP hay các FTA, thì nông nghiệp đang là một lĩnh vực đầu tư béo bở cho các tập đoàn kinh doanh, do Việt Nam sở hữu khá nhiều lợi thế về sản xuất nông nghiệp để có thể xuất khẩu nông sản chất lượng cao sang thị trường các nước. Các tập đoàn và doanh nghiệp lớn cũng có đủ điều kiện để thực hiện sản xuất nông nghiệp hiện đại, với các dây chuyền sản xuất chất lượng cao. 

Hiện đã có một số các tập đoàn lớn trong nước đầu tư khá mạnh vào sản xuất nông nghiệp hiện đại, như Vingroup, Hòa Phát hay Hoàng Anh Gia Lai. Một số lĩnh vực có tiềm năng lớn như sản xuất thức ăn chăn nuôi, thị trường ngành này có trị giá lên tới 7 tỷ USD nhưng lại đang nằm phần lớn trong tay các tập đoàn nước ngoài; nếu như các tập đoàn trong nước có thể giành lại thị phần thì có thể đem lại những lợi thế lớn.

Tuy nhiên, vấn đề của mô hình đầu tư vào nông nghiệp của các tập đoàn lớn lại ít tác động tới quá trình chuyển đổi của các HTX, do hầu hết các tập đoàn đều chọn vị trí đầu tư ở ngoài phạm vi các HTX này do một số trở ngại về quyền sở hữu đất đai. Đó là lý do Việt Nam cần khuyến khích các doanh nghiệp nước ngoài đầu tư vào nông nghiệp Việt Nam. Trở ngại lớn nhất của sản xuất nông sản chất lượng cao ở Việt Nam là vấn đề kỹ thuật, chủ yếu là thiếu công nghệ cao. Các doanh nghiệp nước ngoài có thể bù đắp bất lợi này. Việt Nam có thể tận dụng ưu thế là nơi sở hữu những lợi thế sản xuất nông nghiệp để thu hút các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp từ các nước trong khu vực và trên thế giới đến đầu tư sau khi các hiệp định thương mại như TPP và các FTA có hiệu lực.

Một điển hình trong đó là các doanh nghiệp Nhật Bản. So với Việt Nam, Nhật Bản không có nhiều lợi thế về sản xuất nông nghiệp bằng, đồng thời sau khi TPP đi vào hoạt động ngành nông nghiệp Nhật Bản được dự báo sẽ gặp nhiều khó khăn. Đó là lý do ngày càng có nhiều các doanh nghiệp Nhật Bản đến đầu tư vào nông nghiệp Việt Nam, để tận dụng lợi thế mà TPP đem lại, có thể xuất khẩu nông sản chất lượng cao sang thị trường các nước trong đó có cả thị trường Nhật. 

Ngoài mô hình sản xuất hiện đại quy mô lớn ở các vùng có thổ nhưỡng và khí hậu phù hợp như Đà Lạt hay Mộc Châu, thì các doanh nghiệp Nhật cũng hướng đến mô hình thuê đất của các hợp tác xã và thuê lao động tại địa phương, phía Nhật sẽ cung cấp các thiết bị kỹ thuật, giống, vốn và dây chuyền công nghệ. Điều này có thể tác động tích cực tới quá trình chuyển đổi mô hình của các HTX Việt Nam. Dĩ nhiên, để tránh phạm phải sai lầm như đã diễn ra với khu vực sản xuất công nghiệp, Việt Nam cần chú trọng đến quá trình chuyển giao công nghệ để tiến tới tự sản xuất được các nông sản chất lượng cao thay vì chỉ giữ vai trò cung cấp nhân lực cho các doanh nghiệp nước ngoài.