Đoàn thanh tra sẽ do ông Lê Văn Doãn, Phó chánh thanh tra Bộ làm Trưởng đoàn, ông Thân Đức Trung, Trưởng phòng thanh tra 1 làm phó. Chánh thanh tra Bộ Lê Thanh Hà cho biết, cơ quan này đã bắt đầu triển khai công việc theo chỉ đạo, thời gian thanh tra theo quy định là 45 ngày. Lý do thanh tra được nêu là nhằm "đánh giá việc tổ chức đấu thầu gói thầu RAI/CPI có công khai minh bạch đúng quy định của pháp luật hay không".

Trước đó một số báo đăng tải việc Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải Nguyễn Hồng Trường đã bút phê vào đơn của Công ty CP Đầu tư T.H. do một phụ nữ làm Chủ tịch Hội đồng quản trị xin tham gia thực hiện các gói thầu thuộc dự án VRAMP.

Trong đơn xin thực hiện dự án của doanh nghiệp, có bút phê của Thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường với nội dung: "Yêu cầu Tổng cục Đường bộ - Ban 3 để xử lý”. Bên dưới chữ ký của ông Trường có một bút phê khác có nội dung: “Ban 3 đồng ý theo chỉ đạo của lãnh đạo Bộ”.

Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty CP Đầu tư T.H. cũng được cho là có tin nhắn với Thứ trưởng Trường để xin lại một số “phong bì” đã đưa cho ông Trường. Trao đổi với báo chí, Thứ trưởng Trường cho biết, các tin nhắn của ông với lãnh đạo doanh nghiệp chỉ mang tính cá nhân, không có chuyện doanh nghiệp đưa phong bì để "chạy dự án".

Trao đổi với Báo sáng 25/1, Bộ trưởng Giao thông Vận tải Đinh La Thăng cho biết,  bộ đã quy định việc bút phê của lãnh đạo Bộ chỉ là chuyện văn bản thủ tục, không có giá trị để lựa chọn nhà thầu, hoặc nhà đầu tư.

Liên quan đến các tin nhắn giữa thứ trưởng Trường và lãnh đạo doanh nghiệp, ông Thăng cho hay: "Thứ trưởng Trường báo cáo không có việc chạy dự án, các tin nhắn là chuyện cá nhân nên Bộ không có ý kiến".

Dự án VRAMP do Tổng cục Ðường bộ VN làm chủ đầu tư với tổng mức đầu tư là 301,7 triệu USD, tương đương hơn 6.305 tỷ đồng. Gói thầu RAI/CP1 thuộc dự án VRAMP bị thanh tra đột xuất là gói thầu nâng cấp hai cầu Tràng Thưa và Cống Neo trên quốc lộ 38B (huyện Thanh Miện, Hải Dương) nhằm thay thế hai cầu cũ.

Ngày 3/1/2015, Tổng cục Đường bộ VN tổ chức lễ khởi công nâng cấp 2 cầu Tràng Thưa và Cống Neo, dự án có giá trị giải phóng mặt bằng và xây lắp khoảng 371 tỷ đồng, sử dụng vốn vay Ngân hàng Thế giới và vốn đối ứng. Liên danh nhà thầu Thuận An và Ðạt Phương thực hiện dự án trong 18 tháng.